این بخش روش­های اصلی برای دست­ورزی محلول­های تک­زنجیره­ای یا دو­زنجیره­ای DNA در طی مراحل تخلیص و تغلیظ را ارایه می­کند. این تکنیک­ها وقتی که پروتئین­ها یا ملکول­های حل­شونده باید از محلول­های آبی برداشته­ شوند یا وقتی محلول­های DNA برای سهولت در کار نیاز به تغلیظ دارند، قابل استفاده هستند. روش اصلی که از استخراج فنولی و رسوب­دادن با اتانول استفاده می­کند، برای تخلیص DNA در حجم­های کوچک (4/0<) و در غلظت­هایmg/ml 1≥ مناسب است. همان­طور که در پروتکل جایگزین 1 آمده، ایزوپروپانول نیز ممکن است برای ته­نشینی DNA استفاده شود. سه پروتکل مکمل روش­هایی را برای استفاده از بافر فنول (پروتکل 2 را ملاحظه کنید) و استخراج حلال­های آلی باقیمانده با اتر (پروتکل مکمل 3 را مشاهده کنید) ترسیم می­کنند. روش دیگر تخلیص اسیدنوکلئیک با استفاده از ستون‌هایspin  با غشای سیلیکایی است که به صورت تجاری در دسترس هستند و در پروتکل 2 آمده است. همچنین می­توان از پروتکل­های جایگزین برای تخلیص RNA استفاده کرد.

 دو پروتکل جایگزین پایانی، اصلاحاتی را برای پروتکل اصلی فراهم می­کند که برای تغلیظ RNA و استخراج و ته­نشینی DNA از حجم_­های بالاتر و محلول­های رقیق (پروتکل جایگزین 3) و همچنین برای برداشتن الیگونوکلئوتید­ها با وزن مولکولی پایین و تری­فسفات­ها (پروتکل جایگزین 4) استفاده می­شود.